位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level0”到“超能力Level5”的六阶段评价。　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手ImagineBreaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

作品主要讲述了某天，一款掀起大热潮的VRMMORPG「YGGDRASIL」原本会停止一切服务，但即使过了结束时间，玩家也不会退出游戏，NPC也有了各自的思想。现实世界中喜爱电玩的主人公铃木悟（真名）在等待系统强制登出时，与“安兹·乌尔·恭”公会的成员意外穿越到了异世界，并且自己还变成了拥有骷髅外表的最强魔法师——“飞鼠”。就这样，真正的奇幻传说正式拉开帷幕。

时间为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。　　但是，不料发生了“过了结束时间却还没有登出”的异常事态。NPC们开始以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见过的异世界。飞鼠为了寻找过去的同伴，以公会名安兹·乌尔·恭自称，决定在异世界扬名立万。他与宣誓绝对忠诚的部下一同，向新的地域进军。

为了对抗突然出现的人类之敌「涅洛伊」，世界各国组成了联合军。　　但能够与他们对抗的，仅有具备特殊魔力的少女们而已…话虽如此…　　不论过了多久，人类之敌·涅洛伊都迟迟不来…　　世界各国的魔女们不去战斗，而是在懒散地度日。　　这一次不只是501部队，还增加了502部队「无畏魔女」的日常！　　不和涅洛伊战斗的魔女们的怪怪日常剧第2弹开始！

1943年欧洲战场局势神秘莫测，卡特兰的异形军横行霸道，不可一世，令世界笼罩在恐怖与死亡的阴影中。关键时刻，一群少女挺身而出，与邪魔军团展开殊死较量。这些少女被称为“魔法少女（Witch）”，自远古时代她们便冲锋陷阵，凭借深藏体内的魔力与各种威胁人类存在的怪兽展开搏斗。在魔法少女组成的机械化航空步兵的阻击下，异形军最终败退，而这群女孩也功成身退，散落世界各地。美丽少女宫藤芳佳（福圆美里配音）即是其中的一员，战后她返回故乡扶桑皇国，以成为优秀的医师作为奋斗目标。这一天，扶桑皇国海军学校一号生服部静夏（内田彩配音）前来拜访，邀请芳佳前往欧洲的威尼西亚公国留学。　　身怀绝技的美丽魔法少女们从四面八方再次云集，欢乐玩笑之际，却不知贼心不死的异形军正悄悄逼近……

元ズーラーノーン12高弟の1人、そして元漆黒聖典第九席次クレマンティーヌ。己の腕に絶対的な自信を持っていた彼女も、訳あって、あるマジックキャスターから身を隠すため、逃亡生活を送っていた。そのころ、ナザリックではアインズの命令で武技に関する情報収集を開始する・・・。

蓝野青司（小野贤章配音）是一个随处可见的平凡高中男生，某日，他遇见了名为古莉（青山吉能配音）的少女，竟然因此被卷入了充满了粉红色气息的恋爱风波中去。原来，古莉的真身是魔王的女儿，拥有一本法力强大的“亲吻笔记”，名字被写在笔记上的人，必须在二十四小时内同他人接吻，不然古莉便会死去。　　在误打误撞之中，古莉将青司的名字写在了笔记本上，这也就意味着，如果无法接吻，青司将面临着“一辈子单身”的悲惨命运。外表单纯内里腹黑的绯山茜（沼仓爱美配音）、傲娇活泼的空手道少女蓝野亚久亚（高桥李依配音）、拥有着超强毅力的黄蝶崎柚（长野佑纪配音），究竟是谁能够帮助青司走出困境？