1972年，连接地球与火星的古代文明遗产“超空间门”被发现。地球向火星派出了调查团，找到了古代文明的“Aldnoah”科技。之后，火星上成立了“弗思帝国”，与地球的联合政府开战，引发了让月球碎裂的“天堂陨落”。2014年，休战十余年的地球与火星开始进行和平谈判，弗思帝国的大公主雅赛兰来到地球进行友好访问，却在日本的新芦原遭到恐怖袭击丧命。火星骑士以此为借口，发动了对地球的侵略，居住在新芦原的界塚伊奈帆被卷入了战火。而另一方面，雅赛兰的好友，随父亲移居到火星的斯雷因却发现，公主其实并没有死……

从“上城”前往“外围”赴任的年轻女刑警·索妮娅，在追查种种事件的过程中，遇到了为保护人类而战的三个丑陋的人。他们究竟是什么人……？这三个“妖怪人”，各怀心思地隐藏真身生活着。希望通过铲除为害人间的“恶”而成为人类的“贝姆”；憧憬人类，希望通过和人类上同样的学校来理解人类，以成为人类为目标的“贝拉”；看透人类和世间，冷淡地沉浸于游戏世界的“贝罗”。他们在各种各样的事件中，以及与人类相互接触的过程中，不断受伤，不断烦恼。即使为了人类而战，但他们丑陋的样貌决不可能被人类所接纳……。有一个人正寻找着这样的三人。操纵着暗中控制里布拉市的“看不见的议会”、企图掌控贝姆等三人的她，究竟有何目的？

距离里布拉市事件已过去两年。一直在寻找失踪的贝姆等一行妖怪行踪的刑警索尼娅，根据目击情报找到了德拉古制药公司。在那里她遇见了孤身与恶势力战斗的贝罗，拒绝战斗，想成为普通女孩子的贝拉，还有一位与贝姆身形非常相似名为“贝尔姆”男子。贝尔姆与称呼自己为贝姆的索尼娅接触以来，每晚都被恶梦缠身。心爱的妻子和孩子包围的温暖家庭。与和善的街坊之间的交流。志同道合的同事，有意义的工作。那样的，对自己来说非常普通的，应该不会变的日常，发出了崩坏的声音。「我，究竟是谁・・・？」他们之间交错的命运，最终延续到妖怪人诞生的秘密。萦绕多年的梦境的答案。妖怪人究竟会选择怎样的未来。。。！？

第二次新吉翁战争（夏亚的叛乱）终结后已经过了12年，现在是U.C.0105—。即便经历了被视为展现人类和宇宙世纪未来的“阿克西斯撞击”，世界仍然是混乱的状态，不时地发生着军事冲突。地球联邦政府也愈加腐败，高层不仅让地球污染加速，还实行了非人道的“猎人”政策，强制把民间人带去宇宙。在地球圈这种腐败中出现了一位人物，叫马夫蒂·纳比尤·艾林，他统率着反地球联邦政府组织“马夫蒂”。他们不断暗杀地球联邦政府高官，干着残忍的恐怖行为，但也从强烈反感联邦政府的民众中获得了一定的支持。而自称“马夫蒂”本人，即组织的指挥者哈萨维·诺亚，正是曾经参加了一年战争的地球联邦军士官布莱德·诺亚的儿子，他也参加了阻止夏亚的叛乱。哈萨维·诺亚深切理解阿姆罗‧雷、夏亚·阿兹纳布尔的理念及理想，作为继承了两人意志的战士，策划了开拓武力反抗的道路。但是，在遇到联邦军大佐凯奈斯·斯雷格和谜之美少女琪琪·安达露西亚之后，他的命运也发生了翻天覆地的变化。

2050年。由于在父亲创立的制造公司·Rebuild社对“自律机械DZ”的开发做出了贡献，因而年纪轻轻就赢得了名声的技术人员德里达·伊万（主人公）。有一次与同僚内桑注意到了“DZ”的重大缺陷，但上司却完全不听从忠告，对此感到恼火的他在知道危险的情况下仍然拖延应对，并前去参加内桑的爱女·玛吉的生日派对。但，在度过了一时平稳之后的第二天，德里达和内桑遭到神秘部队的袭击。在出逃的最后，落入冷冻睡眠装置的德里达再次睁开眼时，时间已经过了10年，放眼望去的世界早已荒废，陷入了战争状态！就在遭到失控的“DZ”群的袭击，即将放弃一切的时候，德里达回想起了内桑临终的话语。“玛吉就拜托你了”。为了寻找玛吉，重逢，超越了“时间”——这是，思念踏上旅途的故事。

在扎兹巴姆登陆城的战斗之后，斯雷因带着雅赛兰公主离开。而等到她再次出现在公众面前时，却变成了一个坚定的主战派。斯雷因则加入扎兹巴姆麾下，成为了一个骑士，驾驶着装甲坐骑，在火星和地球的战争中大显身手。伤愈归来后的伊奈帆则是看出了电视上的雅赛兰公主是冒牌货，决心找到真的公主。火星和地球的战争开始进入了相持阶段，丢卡利翁号战舰作为唯一能在科技上和火星对抗的武器，再次被投入了战争之中。

“放弃梦想的方法，我不知道——”终于憧憬的高中生凤树共同演出的星谷悠太，为了下一个梦想，在绫薙学园音乐剧专业努力进行音乐剧修行的每一天。可是，又"新的考验"等候着……！第2学期开始，迫在眉睫的是绫薙祭的班级公演。第一次，不借助领导者的力量只自己挑战的舞台。在跨越了队伍的围墙而诞生的新的组合，互相拉手，星谷他们鼓起干劲想要创造出最棒的舞台……。阻挡在那样的2年级学生们的前，是终于出现了的身姿的华樱会！他们提出了作为绫薙祭改革的一环，华樱会将要制作新的《开幕式》节目。以被选为那个表演者的学生将会是下期华樱会最有力候选为条件，不过，相应的代价却是不能参加班级公演！？青春喧闹的音乐剧，最后的幕布，在拉上去的那一瞬间。

西宫硝子（早见沙织饰）生来患有听觉障碍，要依靠助听器和外界交流，口语发音也因此格外的古怪。初中时，硝子转入了一所新的学校，特殊的生理缺陷让她成为了班上引人注目的独特存在，她因此收获了坚实的友情，却也遭到了以男生石田将也（入野自由配音）为首的小团体的孤立和排挤。

故事发生在大名鼎鼎的绫薙学园之中，这里是孕育音乐艺能界新星的温床。在所有学科之中，“音乐学科”位居金字塔的上层，而由三年级顶级生所组成的“华樱会”更是学生们可望不可及的神圣存在，传说，被华樱会的首领凤树（诹访部顺一配音）所选中的人，将会接收他的“特别指导”，送往无可估量的前途。初来乍到的新人星谷悠太（花江夏树配音）、容易害羞怯场的那雪透（小野贤章配音）、资质优异却容易冲动的月皇海斗（朗斯贝里·亚瑟配音）、沉默寡言容易被人误解的天花寺翔（细谷佳正配音）、心地善良外冷内热的空闲愁（前野智昭配音），他们虽然拥有着无限的潜力，却因为各自的种种而成为了落选者，凤树的出现改变了他们的命运。

西宫硝子（早见沙织饰）生来患有听觉障碍，要依靠助听器和外界交流，口语发音也因此格外的古怪。小学时，硝子转入了一所新的学校，特殊的生理缺陷让她成为了班上引人注目的独特存在，她因此收获了坚实的友情，却也遭到了以男生石田将也（入野自由配音）为首的小团体的孤立和排挤。随着时间的推移，无心或有意的恶作剧渐渐升级，最终演变成为了无法挽回的伤害，硝子永远的消失在了众人的眼前。　　排挤硝子的事情曝光后，将也成为了下一个被欺负的对象，孤独痛苦的他终于理解了硝子的隐忍和温柔，只是他再也没有机会跟硝子道歉了。一次偶然中，将也同硝子重逢了，命运的齿轮重新开始了转动。