故事发生在唐代，郑氏带着女儿崔莺莺（慕容婉儿饰）在普济寺里邂逅了恰巧在那里借宿的书生张珙（白云饰），张珙被崔莺莺的美貌所吸引，坠入了情网之中，然而郑氏并瞧不上一介小小书生，觉得张珙配不上自己的女儿。贼人孙飞虎（许午饰）同样觊觎崔莺莺的美貌，于是带领手下们围攻普济寺，所幸张珙急中生智飞鸽传书搬来了救兵白马将军（田振东饰），才使众人从危机之中解脱了出来，可即便如此，郑氏还是对张珙嗤之以鼻。张珙对崔莺莺日思月想，竟然患上了相思病，人日渐憔悴，崔莺莺的侍女红娘（周璇饰）不忍看到有情人受苦，于是暗中替他和小姐牵线搭桥。

從1937年11月底上海淪陷，到1941年12月8日太平洋戰爭爆發，日軍進入租界止，曆史上稱為「孤島」時期。那時期的上海租界，政治環境極其險惡，張善琨以古裝片《木蘭從軍》（1938）借古喻今，轟動一時，掀起了古裝片的熱潮，但很快就被大量粗制濫造的才子佳人民間故事古裝片所替代了。在孤島影壇的一片混沌中，費穆和民華公司主持人金信民、童振民，花了近一年的時間和巨大的資金去拍攝《孔夫子》，可說是眾醉獨醒，逆流而上。《孔夫子》是民華的創業作，影片沒有慷慨激昂振奮人心的戲劇性，倒處處透露出悲愴的情懷，作品中的孔子身處衰世，先後困於奸亂，絕糧陳蔡，弟子死難，家人凋零，落得孑然一身卻仍與世抗衡，節高氣傲。《孔夫子》絕不是一套討俏的電影，在華語電影大片橫行的今天，費穆在「史」與「劇」之間的思考、對電影美學方面的探索，尤其顯得難能可貴。

唐时，崔相国病殁，夫人郑氏携女儿崔莺莺与幼儿欢郎扶柩归葬，路经蒲县，于普济寺内稍做安顿。书生张珙入京应试，取道薄县拜访义兄白马将军杜确，因慕普济寺胜境福地，特往礼拜。时方春暮，天气困人，崔老夫人命侍女红娘伴莺莺至前院闲步，不想为张生撞见，惊为天人，因将应举之事搁下，径向长老法本借赁西厢僧房而居，伺机一亲芳泽。崔老夫人欲为亡夫大做法事，着红娘去方丈询问日期。张生待红娘辞方丈出，迎头拜揖，自报家门，探问莺莺行止，被红娘严辞驳斥，回到西厢，长嘘短叹。红娘将张生憨举笑禀莺莺，莺莺也觉好笑，张生探知莺莺每夜于花园焚香祷告，而此园与西厢仅一墙之隔，便隐于墙角偷窥，见香凡三上，最后一香，莺莺默祷，红娘代祝：“愿俺姐姐早嫁如意郎君”，莺莺如有所感，倚栏长叹。张生闻听，高吟一绝：“月色溶溶夜，花阴寂寂春；如何临皓魄，不见月中人？”莺莺做诗吟和：“兰闺久寂寞，无事度芳春；料得行吟者，应怜长叹人。”二人隔墙酬和，已然惺惺相惜。崔老夫人携莺莺为相国上香，张生为见莺莺，出钱五千央法本带斋一分，追荐父母，与莺莺二次相见。张生自见莺莺，寝食难忘，而莺莺一寸芳心，亦念念于张生。时有贼人孙飞虎，闻莺莺貌美，发兵围困普济寺，欲劫莺莺做压寨夫人。崔氏母子束手无策，莺莺欲自尽以保清白，老夫人惶急，称如人退得贼兵，即以莺莺许配。张生自告奋勇，修书白马将军杜确，以言语激寺僧惠明送书。杜确发兵解围，扫尽贼兵，崔老夫人设宴答谢张生，并命莺莺坐陪。席间，老夫人告诉张生，莺莺早许其内侄郑恒，现愿以金帛酬张生，盼其另娶。张生大失所望，愤不欲生，红娘怜之，设计相助。是夜，张生听从红娘计策，待莺莺拜月时弹琴代语，倾诉衷曲。莺莺听闻，芳心大动。张生相思成病，莺莺遣红娘至西厢探视，张生乞红娘传书莺莺。莺莺见书佯怒，回书假斥，实为相约。张生果然窬墙赴约，莺莺碍于红娘在旁，斥其无礼，张生信以为真，病势渐重，莺莺亦自悔言重。红娘奉老夫人之命往西厢探张生病势，莺莺趁机赋诗寄之，张生知莺莺当夜来会，大喜过望，其病若失。如此往来月余，被老夫人察觉，拷问红娘得知真情，不得已将莺莺许张生，但唯其入京应试得官方准迎娶。张生只得辞别莺莺进京应试，夜宿草桥旅店，忽见莺莺至，正欲欢叙，孙飞虎突然将莺莺劫去，张生急追，救出莺莺，抱在怀中，喜极而醒，方知适才所遇不过南柯一梦……