铃可是一名时空巡逻员，某日，在巡逻之中，她发现战国时代即将发生打乱，于是决定穿越到那个时代，解除危机，没想到在穿越的过程中，铃可竟然遭到了莫名的敌人的攻击，兵荒马乱之中，铃可来到了二十世纪，刚刚好跌落到了男孩野原新之助（矢岛晶子配音）家的庭院之中。　　铃可附身在了小新所饲养的宠物狗小白的身上，借小白之口向美伢（楢桥美纪配音）和广志（藤原启治配音）说明了事件的前因后果，于是，一家三口跟随着铃可，穿越回了十六世纪的战国时代，在哪里等待着他们的，除了新奇刺激的体验，还有无穷无尽的危险和穷凶极恶的敌人。

小新在河边无意间捡到一颗弹珠，看它很闪亮于是就捡回家里。没想到却被小葵吞进肚子里。这下糟了，原来这颗弹珠是珠由良族与珠黄泉族在争夺的魔人贾克的珠珠，珠黄泉族的首领玉王想要利用贾克的魔力征服世界。就这样，小新一家人卷入两族人的争夺战中，小葵被玉王绑架走了，大家为了保护小葵，费尽心力…最后平安的救出小葵，小新却在无意间，将两颗珠珠放进封印贾克的人俑里，魔人贾克被释放出来了......

突然出现在野原家面前的时间和空间调查员,说时空发生了扭曲，不应存在的怪兽从怪兽的世界进入了现实世界。怪兽出现3分钟后。3分钟后的未来那个怪兽不被打倒,在现实里怪兽要出现！为了抵御世界灭亡，野原一家担任了地球防卫这个重大使命。但是，连续不断强大的怪兽从后边开始出现，渐渐现实世界变得危险…

这天在小新居住的春日部附近，突然新开了一家叫“20世纪博”的游乐园。游乐园里到处播放着从前20世纪的旧的电视节目和电影，这里，一切都是从前时光的回放。每一个到了这里的大人，都沉浸在过去的旧时光里，而对小孩子来说，这些的东西一点意思都没有。令小新万万想不到的是，进入了游乐园的爸爸妈妈都不在理会其他事情，只是一直沉醉在以往的时光里。城里的大人们都进去了，只剩下了小孩子！这到底是谁的阴谋，小新他们能否粉碎这阴谋？

阳光明媚的一天，盛大的B级美食嘉年华在春日部市召开，野原新之助（矢岛晶子配音）看到新闻后兴奋非常，于是和樱田妮妮、风间彻、代全林、佐藤正男等好朋友们商定，偷偷前往嘉年华大饱口福。与此同时，B级美食嘉年华举行的消息也传到所谓的A级美食机构。该机构最高负责人满美食大人（中村悠一配音）对B级食物充满鄙夷，他决定彻底摧毁这些下等吃食。未久，A级美食的飞船飞临嘉年华，对底层料理手艺人进行无情驱逐。为了挽救B级美食，炒面阿健决定启用传承已达五十代的秘制酱汁。阿健的相好红子走投无路，将酱汁罐子交给春日部防卫队的各位。　　小新和朋友们无意间承担起包围B级美食的重任……

小新一家还有风间，妮妮，正男，阿呆一起报名动感超人周年纪念南海之旅，就在动感超人电影的船上首映会上，突然出现了一群粗暴的猴子将大人们都掳走了。春日部防卫队为了救出大人们而出动，小新一行人冒险渡海到南海上的一座荒岛希望可以查出发生了什么事，但本应在船上小葵和小白竟突然出现，小新还发现另一辆古怪的船......

大件事！小新一家變成全國通輯犯！　　在少年警訊的「野原家成魔之路特輯」中透露，小新一家正與邪惡勢力「獎鬥人」進行「秘密東西」交易。據小新的好朋友正男(別號：「無間正男」)所說，自從美冴媽媽縮減早餐改買「特級烤肉」晚餐的那一刻開始，他們一家就變了，爸爸變成「臭狐戰士」，媽媽化成「電波少女」，小新聯同妹妹小葵、小狗小白組成「搗蛋兵團」。另據警方線人指出小新一家正合力避開警民耳目，潛入獎門人的總部。但在另一方面，小新一家的鄰居卻相信他們是無辜的。究竟誰是誰非？小新一家真的與邪惡勢力交易？還是另有冤情？

连续的破坏活动出现在东京湾附近。城南署的刑事久住及秦负责此案的调查工作。调查中，秦认识了担任大学讲师的冴子，并渐渐地对她产生了好感。之后，秦与久住在东京湾上的储备基地遭遇了将人类一个个吞噬的异型怪物，原以为这个怪物就是连续袭击事件的真正凶手，没想到怪物遗留于现场的肉块，却让整个事件产生了翻天覆地的大转变，事件的内幕波及到了警视厅、防卫厅及特车二课，甚至还发现了秦所不知道的冴子的另一面。光明下是令人惊愕的真相，黑暗中自卫队已经开始行动。正当秦不知所措之时，怪物再度出现于东京湾。为了结束这场悲痛的战役，机动警察部队挺身而出。

皿屋敷中学的不良少年浦饭幽助终日无所事事，或与青梅竹马雪村萤子吵架拌嘴，或拿死对头桑原和真出气。某日，逃课玩耍的幽助从车轮下救起一位小姑娘，自己则被汽车撞死。他的举动出乎灵界的预料，因此得到一个复活的机会。经过一次次的考验，幽助最终在萤子和桑原的帮助下重返人间。　　在此之后，他成为一名灵界侦探，专门负责各种奇异的犯罪事件。在一次任务中，幽助又结识了化名南野秀一的妖狐藏马和盗贼飞影。所谓不打不相识，幽助、桑原、藏马、飞影成为共同进退的搭档。他们一同参加了云集强大妖怪的暗黑武术大会，与恐怖的户愚吕兄弟一决胜负。以此为肇始，此后他们与魔界的纠葛越来越深，战斗愈加激烈……

某日，小新（矢岛晶子配音）在河堤上捡到了一瓶神秘的液体，把它带回家放在了冰箱里。哪知道美伢（楢桥美纪配音）和广志（藤原启治配音）在无意之中将其喝下，隔天竟然变异成为了动物。　　之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，竟然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一配音）。原来，四膳首是一位激进的环保主义着，妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物，而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物，四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚（后藤邑子配音）的帮助下，小新一行人成功出逃，他们和春日部防卫队一起，决心破解四膳守的阴谋。