来自真新镇的10岁少年小智以成为精灵宝可梦训练大师为目标，即将踏上修行之旅。要知道，精灵宝可梦训练师与宝可梦在冒险时总是时时刻刻在一起，可以说是共同成长的伙伴。而且在共同的生活中产生的彼此的友情力量会让宝可梦在战斗中更加强大。所以，拥有一只适合自己的宝可梦对于宝可梦训练师来说是多么重要！可是，小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选精灵宝可梦的资格，于是，他领走了一只被挑剩下的宝可梦——皮卡丘。皮卡丘虽然长相可爱，但性格内向而不亲近人类，稍有不满就乱放电，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。

经历二十多年业界风云变幻而历久弥新的超强势IP《精灵宝可梦》系列在全世界拥有无数狂热的爱好者，近期《PokémonGO》的大红大紫即是这一IP超强号召力最直接有力的证据。XY2作为二十多年间从不间断的宝可梦TV动画最新作品，将在这个季度与宝可梦粉丝们准时相约踏上新的旅程。我们不见不散！

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险……另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为“魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的渊源？他们要如何共同对抗贾维斯拯救阿佐特王国？玛机雅娜的最终命运又将如何结局？一场精灵宝可梦史上最伟大的战役即将展开！

小智（松本莉香配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。在旅途中，他们的之间的隔阂逐渐打破，并认识了同行的伙伴诚子（佐藤刊里配音）与宗次（本乡奏多配音），并听到了有关凤王的传说。“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士...”该动画继续讲述小智与皮卡丘踏上成为宝可梦大师的冒险之旅。

在海边有一栋大宅邸，神奇宝贝们就在那里玩起了“捉迷藏”。大家都藏了起来，幼基拉斯因为自己一个人很无聊，踢飞了一颗大石头。可是石头却击中了割草机，让割草机动了起来。割草机就追着皮卡丘们大暴走！

在日本岐阜县某座城市，生活着无忧无虑的小黑猫鲁道鲁夫（井上真央配音）。原本优哉游哉陪伴着小主人理惠的他，不小心钻进了货柜车中，结果一路被带到了东京。在这座完全陌生的大都会里，他邂逅了认识人类文字的流浪猫首领——虎斑猫易白易阿特那（铃木亮平配音）。　　由于对自家的情况说不清道不明，所以易白易阿特那认为鲁道鲁夫很难回到故乡了。失落的鲁道鲁夫被迫开始了流浪猫的生活。在此期间，他跟随易白易阿特学习人类文字，从而掌握了许多珍贵的求生技巧。而从新交到的朋友布奇（八岛智人配音）那里，他得知了能够回到老家的办法。可是就在启程的第一天，易白易阿特在和牛头犬德比尔（古田新太配音）的争斗中身负重伤……

故事讲述的是一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次对自我感到迷茫。超梦回到那个复制它的岛屿，决定开始它的复仇之战。

小智与皮卡丘新的冒险开始了！新的冒险舞台是自然资源丰富的阿罗拉地区。在阿罗拉地区这个四处都是蔚蓝的天空和蓝色的大海的地方，等待着小智和皮卡丘的是？新的宝可梦，新的伙伴，以及新的经历……新的冒险旅程终于拉开了帷幕！去吧！全力！大冒险！！

影片讲述的是一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次对自我感到迷茫。超梦回到复制自己的岛屿，决定开始它的复仇之战。与此同时，小智和皮卡丘等一行人接收到了一封神秘人的邀请函，邀请参加世界最强的宝可梦训练家宴会。等他们穿过了狂风暴雨的海岸终于到达了新岛时，没想到在大家面前出现的竟然是超梦。

精灵宝可梦XY1是宝可梦游戏改编电视动画连续剧的第五部，主题是“美丽”，“羁绊”，“进化”，伴随而来的是明显的画质提升、着重针对人物心理的描写和全新的剧情设定。动画主角一如既往是小智和皮卡丘，旅行的搭档则是来自于卡洛斯地方的新伙伴莎莉娜、希特隆和柚丽嘉。