这是又一部关于时间、空间和人性的哲学命题动画。日本动画所特有的那种创造离奇而宏大世界观的做法，在本作中再次得到淋漓尽致的体现。如果你是一个逻辑能力较弱的人，或许真的很难看懂影片中关于时间线的种种匪夷所思的设定，但是你依然能体会当人类通过时间机器穿越时空时所带来的种种伦理难题。“命运石之门”起始于2009年的一款游戏，后被改编为电视动画，今年推出了这部剧场版。

高中二年级的春天，菜穗收到了「信」。寄信人是，10年后的自己。最初以为是恶作剧，但信上所写的内容一一在现实中发生，而「信」中也提及了今后会发生的事。自己喜欢上转校生翔的事。以及，在17岁的冬天，翔会去世的事。

本作主人公冈部伦太郎（宫野真守配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。　　2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。　　这一切都是命运石之门的选择。

斯塔克公司最新研制的天幕卫星“霍华德”即将升空，它超强的监视功能饱受争议。而托尼·斯塔克则饶有兴致地与战争机器詹姆士·罗德穿着各自的铠甲进行连番惊险刺激的较量。就在此时，号称“突击兵”的武装机器人入侵发射场，与钢铁侠和战争机器展开激烈的混战。而指挥部方面，一名自称以西结的神秘白色铠甲人释放出神秘生物细胞，杀害了所有眼前的生物。钢铁侠在与他的对决中遭遇惨败，指挥塔也彻底毁灭。在此之后，他拒绝向神盾局汇报细节，独自一人找到正在休假的佩珀·波茨，一同调查以西结的身份及其真实目的。　　一方面，神盾局对斯塔克紧追不放；另一方面，来自暗处的敌人也接二连三向他袭来……

喧嚣嘈杂的东京，都市人为了生计奔波劳碌，承受着巨大的压力，当一切逼近极限时，悲剧不可避免地上演。

高宫菜穗（花泽香菜配音）是一个平凡的高中二年级女生，性格温柔总是替别人着想的菜穗非常受朋友们的喜爱。一天，菜穗意外的收到了一封信，让她不敢相信的是，这封信的署名人，竟然是10年后的自己。　　虽然菜穗不相信这超自然的展开，但还是认认真真的阅读了信件的内容。信里说，菜穗的班上会新来一位名叫成濑翔（山下诚一郎配音）的转校生，而菜穗会喜欢上翔。更让菜穗感到震惊的是，信中还记录了翔会在17岁那一年出车祸死去的事件，虽然目前的菜穗甚至都不认识这个叫翔的男孩，但万一信上的内容是真实的，菜穗该怎么办呢？

江户时代，天下太平，只有人性之恶在蠢蠢欲动。岩本虎眼（加藤精三配音）是被称为“绝世剑士”的优秀剑客，他的道场也成为了天下习剑之人梦寐以求的圣地。在道场中，有两个人的名字不得不提，一个是自幼被虎眼捡来抚养成人的藤木源之助（浪川大辅配音），同时，他也是最有希望成为道场继承人的人选。另一个，则是半路杀出的伊良子清玄（佐佐木望配音），虽然他的资历尚浅，但其优越的武术才能使他成为了源之助的强劲对手，虎眼的女儿岩本三重（桑岛法子）亦对他有着深深的爱慕。　　这时，一个邪恶的命令被传达了，本来应使用木剑进行的御前比试，被改为了使用真剑。只要能在御前比试中夺得头筹，即可享有无上的荣耀。本来就暗中较劲的藤木源之助和伊良子清玄，他们之间血与肉的厮杀即将展开。

不断增长的人口和不断恶化的环境让人类不得不开始考虑起了他们的未来，就这样，“火星地球化”的计划被提上了日程，人们通过向火星地表投放藻类和蟑螂使其颜色变深，如此一来便可吸收阳光提高气温。之后，BUGS1号搭载着六名宇航员，踏上了前往火星的旅程，目的在于生物样本的采集和运送。　　令六人以及全人类没有想到的是，火星上特殊的气候令生活在其中的蟑螂发生了变异，它们不仅异化拥有了人类的体魄，还产生了极强的攻击性和战斗能力，几乎是在瞬间，六人全军覆没。幸运的是，一只蟑螂的头部样本被传送回了地球，科学家们研究后决定称其为“火星异种”。出乎所有人意料的是，这种可怕的生物在未来，竟然成为了拯救人类的唯一希望。

TOKYOMX重播的TV动画《命运石之门》（2015年）12月3日凌晨播出的第23话中改变情节，进入β世界线，凶真最终没能救活红莉栖，剧情进入了《命运石之门0》篇章。片尾彩蛋有《0》的主要角色、使用红莉栖头像的人工智能“阿玛迪斯”登场。　　新旧两版23集并非平行故事。新版是发生在旧版前夕的故事。而《命运石之门0》和广播剧《无限远点的弧光灯β》是串连起这两集的关键作品。　　新版23集是《命运石之门0》的序曲，而《0》的结局是凶真给过去（2010年）的自己发短信、劝说当时的自己再次拯救红莉栖（这段内容在旧23集中也有提到），这才有了第24集第二次营救红莉栖的行动。　　《无限远点的弧光灯β》则解释了为什么在新23集中真由理阻止铃羽抽凶真一巴掌，却在旧23集中亲自抽了凶真。

菜穗（花泽香菜配音）是一名普通的高中二年级女生，过着波澜不惊的平淡生活。一天，菜穗收到了一封神秘的信件，寄件人竟然是10年后的自己，10年后的菜穗声称自己的生命中发生了无法挽回的巨大遗憾，为了弥补这个遗憾所以才寄出了这封穿越了时空的信件。　　刚开始，菜穗只是将这封信当成是一个恶作剧，但第二天，信中所提及的那个叫做成濑翔（山下诚一郎配音）的男生竟然真的转学到了菜穗的班上，按照信里所说，菜穗将会喜欢上翔，而翔则会在17岁那年的冬天死于非命。菜穗该怎样做才能够避免这一悲剧的发生呢？