為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HDRemasterProject（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEEDHD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEEDHDRemaster」於2011年12月23日11時起播出。

鸨羽舞衣与弟弟巧海在摇摆的邮轮上等待到案，他们的目的地是名为“风华学园”的高等学校。父母双亡的舞衣意外获得了风华学院的奖学金，决定与弟弟一起转到这所学校。　　大海航行之中，舞衣突然发现大海上漂流的一名少女。这名抱着大剑的少女名叫美袋命，舞衣将她救上船。随后，船上又出现一名名叫玖我夏树的神秘长发女子。夏树见到命之后立即要取对方性命，并召唤出机械兽参加战斗！舞衣被眼前发生的情景震惊，但此时，她的超能力也觉醒！原来舞衣也是拥有“HiME力量”的超能力者。　　战斗过后，舞衣与弟弟巧海继续向风华学园前进，却不知道，那里等待他们的，是HiME力量的秘密与宿命的束缚。

日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生，某日，她偶然通过家中神社的枯井来到了500年前的战国时代。时狼烟四起，妖怪横行，世间大地生灵涂炭。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，意欲变成真正妖怪的犬夜叉，为了得到四魂之玉结识拥有强大灵力的巫女桔梗。经过一段时间相处，两人之间产生了感情。犬夜叉因此希望变成人类，而桔梗也打算在净化完四魂之玉后过回普通人的生活。然而，对桔梗心存邪念的盗贼鬼蜘蛛将灵魂和肉体献给妖怪，继而转生变成邪恶的半妖奈落。在他的一番挑拨下，犬夜叉被桔梗封印在神木之上，重伤的桔梗也在悲伤绝望中死去。　　桔梗转生的戈薇解救了犬夜叉，却不慎将四魂之玉射成碎片。为了找回碎片，她和犬夜叉以及随后遇到的伙伴：七宝、弥勒、珊瑚踏上了充满艰难险阻的旅途……

遥远的，遥远的，时空的彼方。　　宇宙里有一群自称为“黄金一族”的人。　　创造星群、拥有预知未来能力的他们，向其他还没有成熟的种族发出了呼唤：“启程吧！从自己的母星，到宇宙去……”。　　三个种族回应了他们的呼唤。　　黄金族把他们分别称为：白银族、青铜族、英雄族。　　当黄金族决定离开这个宇宙，到另一个宇宙去时，出现了新的回应者——靠着自己的力量冲出宇宙的第四种族——人类。　　黄金族把他们称为“黑铁族”。

故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜HEAVENANDEARTH》的2年后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备，一边摸索着理解敌人的方法。2年后的现在，龙宫岛获得了更进一步的进化，理解Festum语言的少女与被Festum所守护的少女，当两人相遇之时，新世界的门将打开……

明治维新时期，敌我双方为了各自的理想和目标而奋勇厮杀。在此期间，名人志士不断涌现：大久保利通、木户孝允、坂本龙马、冲田总司。维新一派为了推动新时代的到来，不惜采取暗杀的手段，而绯村剑心正是众多刺客的中的一员。孤儿出身的绯村师从比古清十郎学习飞天御剑流剑法，年轻气盛的下山参战，在奇兵队中崭露头角。凭借一身的本领，绯村最终成为令幕府一派闻风丧胆的刽子手拔刀斋，同时他也和宿敌壬生狼斋藤一有过无数次对决。　　明治政府建立后，绯村收起屠刀，成为一名腰挂逆刃刀的浪人。在流浪途中，他结识了神谷道场的继承人阿薰、东京府士族后代明神弥彦以及原赤报队成员相乐左之助。在一次次的战斗中，他们的友情不断加深，绯村那颗满是血污的心灵也慢慢得到净化……　　本片根据同名漫画改编。

真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的状况。　　但当由硅所构成的不明生物·异界体（Festum）开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。　　为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法夫那（Fafner）和异界体战斗──　　在激战的彼端，等待着他的是……

有着非凡的姿容，和卓越战斗力的少年·亚修。统领街头暴力团的他听到了，被手下所杀的男人在临死之际说出的“BANANAFISH”的神秘话语。与此同时，他与作为摄影师的助手来取材的日本少年·奥村英二相遇。两人决定一同追寻“BANANAFISH”之谜——

原島拓也、時村和樹和須賀沼大三名少年机缘巧合地获得了神奇的宝石パワーストーン，并唤醒了勇者机器人ドラン。而ワルザック共和帝国的第一王子ワルター则为了自己的野心而对三人发动了攻击，于是少年们的战斗就这么开始了。