本作将接续第一季的剧情，与握有钥匙的水泽葵，影月明，若叶皆实一起，如今的莲正迈出通往谜团的一步，对于前方沉睡着无法想象的真相一事，仍然一无所知......

《怪物弹珠第二季消逝的宇宙篇》当解开全部的风水宝地的封印之后，诺查丹玛斯立刻预知到了恐怖的未来。从她吐露的只言片语中，莲等人感到一丝不安。这期间，斑目社长向全世界发表了新计划。就在世界处于震惊之际，莲与龙马的面前强敌"伊甸"现身！而此时，冷眼旁观事态发展的弥勒所采取的行动是——