生存于战国乱世的主角－古田左介，既被其主公织田信长华丽壮大的《武》所吸引，也沉醉于其茶道师傅千利休寂静深遂的《艺》。夹杂在这两条道路之间，左介走出自己的鬼才之路。不同于一般描述战国时期征战攻伐的作品，本作大量描写当时人物的价值观以及美学，参杂作者个人的想像力，是一部以文化观点来看历史的动画。

2009年，当麻纱绫（户田惠梨香饰）和濑文焚流（加濑亮饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟饰）高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介饰），企图阻挡神秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视作杀害父母的爆弹女，之后更斩杀了当麻在美国结识的好友Nancy。　　SPEC宏大篇章自此拉开序幕，决定世界命运的重大事件也进入了倒计时……