宇宙世纪0079年，就连宇宙都变成了人类的战场。势如破竹的吉翁军进行了导致世界人口半数死亡的不列颠作战（殖民星坠落）。另一方面，地球联邦军为了挽回劣势以压倒性战力来对抗。萨比家错综的阴谋、被难以改变的命运玩弄于掌心的雪拉‧玛斯、成为吉翁军驾驶员的兰巴･拉尔及哈蒙，就连在SIDE7平稳过日的阿姆罗和芙劳的日常生活，也逐渐蒙上了阴霾……。随后，被仇恨驱使成为吉翁军王牌的夏亚‧阿兹那布尔，他所参战的「鲁姆会战」即将展开。

在「破晓起义」后前往地球的夏亚，在那与拥有不可思议力量的少女──拉拉．逊相遇。另一方面，致力推动RX-78开发计划的阿姆罗父亲──提姆･雷，得到吉翁方面MS开发计划的核心人物──米诺夫斯基博士逃亡的消息，因而动身前往月球。在月球表面上的微光区域，展开人类史上首次的MS死斗战。时间来到宇宙世纪0079年——。距离地球最远的宇宙都市SIDE3，以吉翁公国之名向地球联邦政府挑起独立战争。这场战争导致人类的总人口数一半死去，动乱的时代正要开始——。

宇宙世纪0071年。脱离SIDE3，慕佐自治共和国后3年。吉翁‧兹姆‧戴肯的遗孤卡斯巴尔跟阿尔黛西亚兄妹，与金巴‧拉尔一起逃往地球，并寄住在提亚波罗‧玛斯家中，与爱德华、雪拉过着平稳的日子。而一直追踪他们的扎比家的魔手，悄悄地再次逼近…。此时，SIDE3将国名更改为吉翁自治共和国。扎比家不但掌握实权，整个支配体制也日渐巩固，更开始着手开发对抗地球联邦军的最新兵器－机动工兵。

宇宙世纪0068年，SIDE3，慕佐自治共和国。准备发表从地球联邦政府完全独立宣言的吉翁．兹姆．戴肯，突然在演说中倒下并离开人世。戴肯的两位遗孤卡斯巴尔与阿尔黛西亚，其命运有如接下来激烈动荡的时代般，正等着他们…

过去篇共6话，终于迎来了完结——。故事发生在宇宙世纪0079年1月23日，吉翁与地球联邦间一决雌雄的战争，终于在SIDE5鲁姆爆发。在战争中被逼入绝境的吉翁，手中握有秘密武器。就是用人型兵器「MS」所组成的特别突击大队，让战况一举逆转并大获全胜。当中，隶属吉翁军的夏亚・阿兹那布尔，驾驶着「萨克Ⅱ」立下战积并因此晋升为少校，更获得「红色彗星」的别名。而在鲁姆会战后，地球联邦军策画了对抗吉翁军的＂V作战＂。远在SIDE7的少年阿姆罗・雷，自行动身去找寻新兵器「钢弹」的秘密。另一方面，在地球的南极大陆，吉翁及地球联邦两军间和平谈判的场合，某项声明却从月神二号向全世界发出……。

宇宙世纪0074年。离开了德克萨斯殖民卫星的爱德华･玛斯，伪装自己的身分，以夏亚･阿兹那布尔之名，进入吉翁共和国国防军官学校就读。而与同届的扎比家少爷、卡尔马交情交深的夏亚，两人逐渐两人逐渐受到学生们的推崇。宇宙世纪0077年。终于，学生们以独立为号召，对地球联邦军治安部队展开武装起义。但那也正是揭开夏亚誓言复仇的华丽剧本序幕……。——现在，历史的齿轮即将转动！"