地球和木連結盟後，宇宙總算恢復和平。天河明人和御統由利加終於結婚了，但是在新婚旅行中，他們因乘坐的飛機失事爆炸而遇難……然後，三年過去了。此作是機動戰艦TV版放1996年放送後，於1998年分開的劇場版ThePrinceofDarkness。八號殖民地「白雪公主」被人襲擊了，以星野琉璃為艦長的NadesicoB被委派作出调查。但是琉璃與Nadesico一行如何應付名為「火星的繼任者」標榜著新的秩序的對手嗎？

公元2195年，谜一般的兵器群“木星蜥蜴”突然出现，并以压倒性的战斗力占领了火星的殖民地以及月球的背面。地球的各地均有被称为“郁金香”的母舰降落。与此同时，民间企业ネルガル重工‎NERGAL完成了实验战舰ND-001ナデシコNadesico的建设。即使是对着木星蜥蜴的兵器，装备在抚子号上的兵器依然具有技术上的优势，包括扭曲力场(DistortionField)防护罩以及重力波炮，使得抚子号成为了当时唯一能与木星蜥蜴抗衡的战舰。在人员的任命上，由于采取了“能力一流，不问性格”的选拔方针，结果使得整艘舰的工作人员都是些有点“特殊性格”的人。火星出生的主角天河明人，在一次偶然的机会遇见了儿时玩伴御统百合香。想再次与百合香相会的明人，一直跟在她的后面，并意外地登上了准备出港的ナデシコNadesico。其后明人虽然被聘请为ナデシコNadesico的厨师，但却发生了一些意外，使得明人要驾驶舰载的机动兵器艾斯特巴利斯(Aestivalis)进行战斗……本故事就讲述一班在ナデシコNadesico上的成员的经历，他们一方面和木星蜥蜴作战，另一方面又要在地球政府吞并的压力下力求独..