在彼得·帕克获得超能力并成为蜘蛛侠一年后，神盾局局长尼克·弗瑞找到他，邀请他参加训练，加入神盾局。彼得在学校里遇到了一同训练的四位小伙伴。他们表面上是高中同班同学，平日里一起上课学习，但是纽约街头一有危机出现，他们就立刻换上装备，化身超级英雄。在蜘蛛侠不断成长的过程中，各路反派总是为蜘蛛侠设下重重障碍，章鱼博士和毒液一次次卷土重来，甚至几度把蜘蛛侠和伙伴们置于险境。在一次战斗之后，他们原本的直升机被损毁，四位小伙伴只能暂时同彼得一起住进梅姨的家中。而且因为他们的身份特殊，蜘蛛侠和伙伴们需要对外隐瞒自己的超能力，为此彼得还受到了不少来自梅姨的误解，也常常给原本平静温馨的家庭生活带来一些麻烦。不过，几位肩负着保护纽约重任的少年们，总能在关键时刻打好配合，摆平一次又一次危机。

彼得·帕克践行班叔叔的格言，“能力越强，伴随的责任越大”，从此成为了行侠仗义的蜘蛛侠。他与蜘蛛小队成员迈尔斯、格温与安雅互相通力合作，在与劲敌的战斗中一次次克服艰难险阻，最终战胜了敌人。彼得在这个过程中更加理解责任与能力，获得惊人的成长，并逐渐提升蜘蛛侠的装甲和力量。