自前作中蕾哈尔背叛夜，并将其推落水中已经过去6年。在塔的20层，许多甄选人员因无法通过测试而贫困潦倒。甄选人员之一，屡次落榜的青年吉王男屡次被高利贷商人催收用于缴纳考试费用的借款，并终于在可能要签下贩卖自身器官的合同这一前提下，再次挑战20层的测试。在那里出现了一位拥有压倒性力量，把头发绑在后面随风飘舞的，名叫久·威傲来·格雷斯的男子。他是FUG的候补杀手，而FUG则是与统治塔的吉黑德和十大家族相敌对的犯罪组织（即所谓恐怖分子）。在测试中，高利贷商人兼催债人的公子普林斯、莲家千金梨花、人称「右臂恶魔」的大汉虎亮都参加了，而在神水能力测验中获得第一名的威傲来，面对恳求他「选择自己做同伴」的众人，漠不关心地说「我一个人就足够了，你们全部都出局吧」。听闻此言后考官提出了新的测试，结果通过者为威傲来、吉王男、吕美生、吕高生、虎亮、亚克雷普特、普林斯、莲8人。之后，吉王男与拜访了威傲来的FUG成员火莲、夏镇城见面，得知了威傲来成为FUG候补杀手是因为朋友被挟持为了人质，如果他在测试中出局，朋友就会被一个个杀死。正义感强烈并且不知为何拥有刻着吉黑德纹章的戒指的吉王男带着威傲来……

大约100年前。为了寻求在母星中枯竭的生命能量”阿比特“的机械生命体从异次元来访。它们为了穿梭次元，将姿态收缩到手臂模样，降落在”阿比特“丰富的地球上，通过寄生在其他生物上而得以在地球上生活，并与一部分人类秘密接触，开始寻找”阿比特“。人们将那个模样的它们称为“机械臂”。　　时间来到现代。某个封印着“机械臂”的立方体从大企业“镜集团”的研究设施中遗失了。偶然发现那个的普通中学生·光解开了立方体的封印。从那里出现的是沉眠了100年的“机械臂”阿尔玛。阿尔玛想要寄生在光的身上……光和阿尔玛的奇妙共同生活就这样意外开始了bbb

在总是做梦的自己的房间里，再次陷入睡眠的月城遥人，偶然进入了他人的梦境。那是，心灵被囚禁在这梦世界里的魔女们的梦。陷入拒绝现实、逃往梦境、持续睡眠的“睡美人病”当中的，她们的梦的姿态。迷失在魔女的梦世界中的遥人，寻找着出口的门，并和她们打着招呼。

在她成为神的那天，世界开始走向终结——高中最后的暑假，在成神阳太的眼前，突然有一天，自称“知晓一切的神”的少女雏出现了。“30天后，这个世界就会结束。”阳太对告知这样的消息感到困惑，但是看到神一样的预知能力，确信那个力量是真的。与超常的力量相反，天真烂漫、天真无邪的小雏，不知为何决定寄居在阳太的家中，两人共同生活。向着“世界末日”，喧闹的一个夏天开始了。

西化的浪潮冲击之下的架空都市「横滨」中，以旧时文豪为名的人们使用着神秘的「异能力」进行着生死决斗的动作大作「文豪野犬」。哭泣、呐喊、以灵魂互相碰撞，奔走在生与死的界限的「武装侦探社」与「港口黑手党」的角色们居然——变成了可爱的Q版人物，装傻、吐槽，根本停不下来！？搞笑衍生动画，在此开幕！

白虎与黑兽——中岛敦与芥川龙之介并肩作战，在与弗朗西斯·F的决战中得胜，与自大国袭来的“组合（Guild）”之间的巨大异能战争宣告结束。“武装侦探社”与“港口黑手党”在此战中缔结的休战协定仍在继续，而从他们引发的毁灭危机中幸存下来的横滨，今天也在路边上演名为日常的物语。但海外犯罪组织流入的传言，以及“组合（Guild）”残党的影子仍在此地若隐若现……。另一方面，太宰治对于“魔人”觉醒、新的灾厄开始感到担忧。在暗渠中蠢蠢欲动的，是盗贼团“死屋之鼠”的头目，费奥多尔·D。其令人恐惧的谋略，终于露出獠牙！

炎炎夏日，茂下町的烟花大会即将举行。就读于当地高中的及川奈砂（广濑铃配音）并未沉浸在愉快祥和的气氛之中，她即将随母亲（松隆子配音）搬家到另一个城市，心中满是失落。在某次即兴的游泳比赛时，奈砂击败同班同学岛田典道（菅田将晖配音）和安昙祐介（宫野真守配音）。随后她坦白喜欢祐介，希望烟花大会时能与对方一同游玩。可是祐介、典道随后卷入和朋友们关于“烟花到底是圆是扁”的争论中...

2022年，天才编程者茅场晶彦所开发的世界最早的完全潜行专用装备设备《NERvGear》。　　这个革命性的机器给VR（假想现实）世界带来了无限的可能性。那之后经过了4年。。。。。　　《NERvGear》的后继品VR机为了对抗《AmuSphere》（第二代民用完全潜行机），发售了一个次世代的可穿戴设备《Augma》　　替换了完全潜行机能，是一个对AR（增强现实）功能进行了最大限度扩大的最先进机种。　　由于《Augma》在觉醒状态下也可以安全和便利地使用，因此一瞬间便在玩家当中传开了。　　这个杀手级内容，被叫做《OrdinalScale序列之争（OS）》，是《Augma》专用的ARMMORPG。　　亚斯娜和伙伴们会玩的这个游戏，桐人也准备参战了。。。。

1972年，连接地球与火星的古代文明遗产“超空间门”被发现。地球向火星派出了调查团，找到了古代文明的“Aldnoah”科技。之后，火星上成立了“弗思帝国”，与地球的联合政府开战，引发了让月球碎裂的“天堂陨落”。2014年，休战十余年的地球与火星开始进行和平谈判，弗思帝国的大公主雅赛兰来到地球进行友好访问，却在日本的新芦原遭到恐怖袭击丧命。火星骑士以此为借口，发动了对地球的侵略，居住在新芦原的界塚伊奈帆被卷入了战火。而另一方面，雅赛兰的好友，随父亲移居到火星的斯雷因却发现，公主其实并没有死……

在扎兹巴姆登陆城的战斗之后，斯雷因带着雅赛兰公主离开。而等到她再次出现在公众面前时，却变成了一个坚定的主战派。斯雷因则加入扎兹巴姆麾下，成为了一个骑士，驾驶着装甲坐骑，在火星和地球的战争中大显身手。伤愈归来后的伊奈帆则是看出了电视上的雅赛兰公主是冒牌货，决心找到真的公主。火星和地球的战争开始进入了相持阶段，丢卡利翁号战舰作为唯一能在科技上和火星对抗的武器，再次被投入了战争之中。