"这是两位同龄同名少女「NANA」的故事。一个是自小被母亲抛弃，从小就独立自主，为了在歌坛闯出一片天而到东京寻找出道机会的庞克乐团女主唱大崎娜娜；另一个是普通家庭出身，老是在恋爱路中跌跌撞撞，却依然一心向往恋爱，甚至只身跑到东京追求男友的小松奈奈。两个人背景南辕北辙，个性更是天差地远，却阴错阳差地成为室友。于是，两个NANA的故事，两个20岁女子的友情与恋爱、梦想与实现、相聚与离别，就要展开…。"

正在进行修业之旅的小智（松本梨香配音）、小刚（うえだゆうじ配音）、小遥（KAORI配音）和小正（山田ふしぎ配音），在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美（眞鍋かをり配音）及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普（藤岡弘配音）夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败，他将与洋美、小精灵护林员杰克（山寺宏一配音）以及小智一行展开激烈的正邪争夺战……　　本片为神奇宝贝系列第九部电影剧场版。

千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。　　虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。　　不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？

大崎娜娜（朴璐美配音），心怀音乐梦的朋克女青年，曾在家乡和男友本城莲（木内秀信配音）、好友高木泰（川原庆久配音）、寺岛伸夫（关智一配音）合组乐队BlackStones，后因莲被当红乐队Trapnest挖角到东京发展，二人被迫分bbb。时隔两年，娜娜也决定前往东京，?找来泰和伸夫重整BlackStones旗鼓，誓要和莲的Trapnest一拼高下。小松奈奈（KAORI配音），永远沉浸在恋爱梦中的不靠谱小镇姑娘，因男友远藤章司（高桥广树配音）到东京求学备受异地恋煎熬，而今终于有机会移居东京陪伴章司。两个名字发音同为“nana”的女孩相遇在去往东京的新干线上，又十分凑巧地看重同一间“707”号公寓，二人决定合租。　　两个性格迥然不同的女孩，加上两个竞争乐队的男孩们，从此生活、梦想、爱情、挫折就这样交织在一起，再也不可分……

这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。