或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，约定不许任何人染指这里。可是曾经作为联合舰队舰长的哈洛克却背叛盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通缉犯。

时为1987年，乔瑟夫·乔斯达与“柱之男”们之间的死战后过了50年……乔瑟夫为了为了帮助“被恶灵附身了”的外孙子·空条承太郎而来到了日本。原来那并不是恶灵而是幽波纹（替身）。替身突然出现的原因在于，从跨越100年的长眠中苏醒过来的吸血鬼·DIO与乔斯达家之间的令人忌讳的因缘。为了拯救受到DIO的诅咒而倒下的承太郎的母亲·荷莉，他们决定要打倒邪恶的化身·DIO，和伙伴们一起踏上了旅程。

在乔斯达家的宿敌·迪奥（DIO）复活的影响下，一位年轻人——空条承太郎，得到了名为“幽波纹（替身）”的能力。为了拯救因迪奥的诅咒而倒下的母亲荷莉，空条承太郎与外祖父·乔瑟夫以及伙伴们，一起为了打倒迪奥而展开旅程。在漫长的旅途当中，承太郎等人一次又一次地击退刺客，最后终于抵达迪奥所在的埃及。然而，为了阻止他们前进，各种怪异可怕的新一波敌影不断逼近——

由“拉格那母星”生存下来的人与其他漂流在宇宙中的人组成“银河漂流舰队”，为了找寻适合生存的星球，派遣出“宇宙少年骑士团”四处寻找。李昂等四人被派到太阳系而发现了地球，无意间将正在“星际大奇航”游戏中的胖虎与小夫带进所搭乘的太空船中离开了地球。哆啦A梦与大雄、静香为了救出他们，乘坐“宇宙救护船”追了下去。但是在途中因为空间跳跃时遭到强力电磁波击中，导致太空船损毁。幸而李昂的太空船亦在相同地方也是因为跳跃装置故障而停滞，哆啦A梦等人因此而进入了李昂的太空船，恰巧与胖虎和小夫相遇。当李昂一行人回到了“银河漂流舰队”前，发现与原先舰队中多出了以李昂的父亲李贝尔特为首的“独立军”，这个独立军的目的就是要以武力侵略适合生存的星球，他们经由派出去的间谍佛蕾亚得知了地球的情报，并且计划要进攻地球。李昂在舰队之神“优格特树”的指引下，见到了自己的母亲，并且经由其指示，要瓦解“独立军”必须先击倒控制着他父亲李贝尔特司令官的安葛尔摩亚。在哆啦A梦以及大雄等人的协助下，成功解救了危机。

1999年，一颗巨大陨石坠落在南太平洋亚塔利亚岛。经过调查之后发现，宇宙中有可能为人类历史上最大强敌的高等生物存在，于是各国政府冻结了国家之间的利害关系，成立了统合军，意图整合世界现有国家组成单一人类政府，并开始重建这艘代号为ASS-1的外星太空船。然而，也就是在这个时候，以苏联为首的华约集团，却主张应重视各国之间文化的差异，而反对这项同盟，并组成反统合军同盟，与由西方国家主导的统合军对抗。在2000到2007年之间，双方为取得外星人的遗迹与科技而在世界各地进行激烈的争夺与互角。后世称为（第一次）统合战争。2008年，统合战争告一段落，反统合军势力亦大致遭到压制。据报在南太平洋的玛雅岛上发现外星人的遗迹，统合军便出动特遣舰队前往回收。然而，同样得知消息的反统合军同盟残存势力也派出了特遣舰队，企图抢在统合军之前回收这项重要的技术，并扳回当前的颓势。双方在这太平洋小岛的周边，展开了一场激烈的海空大战。此时，主角工藤真以统合军战斗机飞行员的身分，加入了这场战斗。

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故事的主人公黑铁一辉虽有着成为能将灵魂转化为魔剑的“魔导骑士”的目标，但由于自身没有魔法方面的才能而被他人戏称为“落第骑士”。不过，在与来自异国的公主——有名且最强的“A级骑士”史黛菈・法米利昂相遇后，一辉的学院生活发生了改变。

或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，约定不许任何人染指这里。可是曾经作为联合舰队舰长的哈洛克（小栗旬配音）却背叛盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通缉犯。联合舰队长官伊索拉（森川智之配音）指使自己的弟弟亚马（三浦春马配音）混入阿尔卡迪亚号，探寻尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此期间，哈洛克率领船员向地球挺近，而联合舰队则在太阳系布下天罗地网阻挡他的步伐。遥远的故土，失落已久的真相，令所有人为之震惊……　　本片根据松本零士的经典科幻漫画改编。

知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不追究無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」…　　同一災難引發了另一場悲劇：一位母親身受重傷而全身癱瘓，為了不拖累子女，她找來有「死神化身」之稱的奇利柯醫生以求安樂死。另一方面，他的孩子為了救母親，日以繼夜打工存錢，希望黑傑克為母親動手術。看著他們的身影，黑傑克不自覺想起自身的遭遇…　　兩位醫師，一位要致死，一位要救命，就在秘密之島「伊卡洛斯島」上，黑傑克與奇利柯將展開一場生死攸關的衝擊性對決。爆炸事件的內幕為何？系列史上的最大危機，正一步步向這位天才外科醫生逼近！

日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆祝该邮轮的处女航，八代商船邀请各界名流参加，上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请，因行程安排铃木夫妇无法出席，园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行。蓝天白云，美酒佳肴，众人无不陶醉于这美好的假期之中。　　但是，这注定是一次不寻常的航行。先是园子突然遭人绑架，接着八代商船的女社长贵江被人杀害，与此同时董事长八代延太郎也从船上神秘失踪。此前不久，贵江的丈夫八代英人驾车时突发心脏病冲下山崖。这一连串死亡、失踪案件似乎都与15年前八代商船的沉船事故有关。在层层推理调查之下，隐藏的秘密渐渐浮出水面……