喜欢魔术的高中生黑羽快斗。父亲是天才魔术师，但也有世界大盗怪盗基德这一不为人知的一面。然而，他的父亲因魔术中的意外事故而去世了。自那8年后，快斗意外得知了父亲背后的一面，怀疑他非因事故而死，而是被什么人所杀害的。为了解除这个疑惑，快斗身着礼帽和白色斗篷，继承了父亲的轨迹，成为了怪盗基德。

有一天众多企业在米花市政大楼，共同进行了一种新的游戏“茧”的成果发表会。玩家可透过这个游戏，进入虚拟世界中，体验实地游玩游戏的快感。r但是在这个同时，汤玛斯辛多拉董事长基于某些动机，杀害了工藤优作的朋友樫村忠彬，后来被揭发罪行。r在另外一边正式启动的“茧”，被泽田弘树所开发的诺亚方舟程式入侵，使整个游戏变成了一场生存游戏。眼看着未出局的人数越来越少，柯南如何挽救50个人的性命呢？......

柯南用新一的身份在电话不自愿地约会了小兰，陪她看5月3日的午夜场电影，以便请求小兰替他参加森谷帝二教授举办的茶会。柯南为此十分烦恼，不知如何掩饰他变小的事实。r柯南目送小兰离开后，为此烦恼的柯南接到一个电话，是来历不明的炸弹客挑战柯南！少年侦探团收到的引爆遥控飞机、被安装了炸弹的装小猫的篮子，还有环状线的的炸弹陷阱，大家奋力推理，才及时预防了可能发生的意外。可是，最后发现被安装了炸弹的其实是工藤新一和小兰的约会地点－米花町大楼！柯南该怎么办呢？.......

大阪的地标日卖电视台突发爆炸事件！r那时，里面正在录制“皋月杯”百人一首和歌赛记者会，而突发事件让全场陷入恐慌！r轰然倒塌的大楼里，唯有西部名侦探服部平次和他的青梅竹马远山和叶被困其中，但在千钧一发之际，柯南将两人救出。r在这如同恐怖行动的事件中，众人既不知道犯人所图为何，犯人也没有主动发表声明，这让柯南与平次非常不解。r混乱之中，柯南一行人遇见了自称是“平次未婚妻”的女性。她的名字是大冈红叶。她说自己是【在小时候就向平次求过婚的命中注定之人】。而且，她还是赢得百人一首和歌赛的高中生组冠军，被称作“未来的女皇”。r与此同时，在京都岚山的日式住宅内，皋月杯的获胜选手惨遭杀害。而那时现场的监视器上显示出来的竟是红叶的身影。在那里，某首“歌谣”正在低沉地萦绕——

没有月光的漆黑之夜，警方收到了一封针对由米花町的银行保管的樱桃蓝宝石的预告函。那个发件人，竟是大盗——鲁邦三世？！鲁邦的专职调查官、ICPO（国际刑事警察组织）的钱形警部，与警视厅的目暮警部搭档，集中警察全力要将鲁邦逮捕。随后引发了一连串大骚动！经过街道上激烈的追逐，鲁邦以华丽的技巧，得到了樱桃蓝宝石。得到了秘宝的鲁邦，在空无一人的安静码头打电话。其对方是自称阿朗·史密斯的神秘男子。阿朗的旁边，出现了峰不二子的身影……同时。海外的超人气的偶像——艾米利欧来到日本举行演唱会。电视转播中，少年侦探团发现了来日的艾米利欧和旁边的美女经纪人克劳蒂亚。而柯南却惊讶地发现了另外的人物。担任保镖的是鲁邦的搭档——次元大介！柯南察觉到鲁邦一伙可能会有什么企图。这时，艾米利欧收到了“如果不中止直播，就夺取你的性命”的威胁信！毛利小五郎担任贴身警卫。另一方面，灰原哀和阿笠博士一起，同执意要逮捕鲁邦的少年侦探团3人，以意想不到的方式发现了石川五右卫门和鲁邦的老巢……柯南与灰原一起，在艾米利欧直播进行的当天，于约5万人聚集的东京体育场，掌握了有人要围绕樱桃蓝宝石进行交易的信息。另一方面，鲁邦一

名侦探柯南电视动画和剧场版20周年纪念的最后一项，2小时电视动画特别篇，将于2016年冬播出。r重新演绎“云霄飞车杀人事件”，增加原作漫画中没有的新内容，并由原作者青山刚昌全面监修。故事将从工藤新一弄坏了毛利兰的手机开始，主体内容仍是原作第1话游乐园中的杀人事件，以及新一在此之后被琴酒强制服下APTX4869变成江户川柯南的经历。变成灰原哀之前的Sherry（宫野志保）、遇到柯南之前的少年侦探团、阿笠博士、收留柯南之前的毛利小五郎等角色都将登场，原作中没有描写的、上述角色在这一时间段的行动也将在片中展现。

江户川柯南和毛利兰、灰原哀一起来到了公共浴池。在男浴池的更衣室柯南目击到2名可疑的男子，随后，在浴场摔倒失去了意识。于是令柯南感到可疑的男子阿辰和近藤借口将柯南送到医院把他用车带走了。柯南注意到，二人是黑社会中有名的人物，正在浴池执行秘密任务。听说柯南被送往医院的小兰和小哀在附近的医院拼命寻找，但并没有找到他。这时，小兰的手机收到了“我的伤没有大碍，不用担心。我要和认识的大哥哥去吃饭了”的邮件。这封邮件是用柯南所带的工藤新一的手机发送的。此时，毛利小五郎的侦探事务所收到了香苗调查丈夫外遇的委托。香苗提供的照片中的前便利店的丈夫，竟然是近藤！香苗对自己的丈夫与黑社会有牵连一事毫不知情。另一方面，在谁都不知道发号施令的幕后黑手是谁的情况下，近藤依然和同伴们一同执行任务。近藤等人的任务是引发针对某个人物的炸弹袭击。丧失记忆的柯南被近藤等人利用？！闯空门的专家，天才欺诈师，传说中的杀手，各种各样的犯罪者和操纵他们的神秘黑影……各种各样的人物在案件周围交错，案件背后隐藏的真相是……

小五郎应京都寺院的邀请，前往京都调查寺内八年前佛像盗窃事件。寺院早前得到佛像下落的线索，是一件有不同图案的图画，提供给小五郎，以便尽快寻回佛像。同时间，东京、大阪和京都发生杀人事件，三个城市的警方调查后，发现事件中的死者都是盗贼团“源氏萤”的成员，毎人都有一个代名，以《义经》内的传统人物命名。r服部亦因此事，前往京都调查杀人事件的真相。期间遇上柯南，两人一起调查两宗事件，发现两宗事件都有共同点，有助解开八年前佛像盗窃事件。在调查期间亦发生杀人案，服部因此而受袭，和叶亦因查找施袭者线索而被人挟持。

由“黑色”裁决“黑色”——德国，加拿大，以及（英国）伦敦。黑衣组织所制造的暗杀案件在世界各地接连发生！目标的共同点是？组织的目的是？不久，琴酒就将魔爪伸向日本。这场暗杀大戏不过才刚刚开始。宿命的相遇，突然——东都水族馆进行了大规模翻新。为了观赏那里的特色——世界第一个二轮式巨大摩天轮而来到此处的柯南一行人与那里一位受伤的神秘女性相遇。她似乎由于某种原因丧失了记忆。线索只有已损坏的手机。柯南与少年侦探团一起，决定帮助她找回记忆。这时，灰原觉察到了异样。这个女性，是左右眼颜色不同的“双色瞳”的拥有者。

　　在神秘委托者的招待下，小五郎与柯南一行人来到了横滨。一行人受邀来到一座巨大城堡，没想到却掉入黑影的神秘男子所设下的陷阱。小兰、灰原与少年侦探团，也因此落入敌人手中成为人质。时间限制为12个小时，如果不在时间内解开男子所出的谜题，小兰他们身上的炸弹就会爆炸。r　　“你能了解失去心爱的人，是什么样的心情吗？工藤”r　　这名男子居然知道柯南其实就是工藤新一？！这名男子的真正身份，难道是……r　　就在同时，“关西的高中生侦探”服部平次的儿时玩伴和叶也被抓走（因为手上有炸弹而受到威胁，并非抓走）成为了人质，白马探也受到委托。这些侦探们将与柯南一同挑战谜题。但是，当柯南他们正努力调查敌人的真面目之时，却同时也面临着一连串的危机。而众人追查已久的怪盗基德，居然也在此刻现身！柯南、平次、基德以及小五郎与其它刑事们，将携手挑战这次的强敌。时间一分一秒地逼近着，当大家就要解开所有的谜题时，却又出现了新的难题。柯南究竟会怎样？？