L.C.922年，人们面临空前的危机。在神话世界Tetraheaven的百年战争终结后，败阵的魔神们为了寻求新的安居之所，袭向人类世界。背负着守护街区宿命的警察特殊机关ALCA，旗下年轻的论理者们被强制与拥有特殊能力的异世界女神们合体，进而投身于战场。论理（Logic）能力缺失的一般人剑美亲，某一天在躲避魔神途中，与一位美丽的女神雅典娜相遇。而她手中持有的正是美亲本应已经失去的论理（Logic）.....

如果，樱花掉落的速度是每秒5厘米，那么两颗心需要多久才能靠近？　　少年时，贵树（水橋研二配）和明理（近藤好美配）是形影不离的好朋友，可很快，一道巨大的鸿沟便横亘在两人中间：明理转学，贵树也随着父母工作的调动搬到遥远的鹿儿岛。在搬家前，贵树乘坐新干线千里迢迢和明理相会，在漫长的等待后，茫茫大雪中，两人在枯萎的樱花树下深情相拥，并献出彼此的firstkiss，约定着下一次再一起来看樱花。　　时光荏苒，两人竟再没见过，虽然在人海中一直搜寻彼此的身影，但似乎总是徒然。再后来，他们分别有了各自的生活，只是还偶尔会梦到13岁时的这段青涩而美好的感情，才明白当年怎么也说不出口的那个字就是爱。

在那个遥远的日子，他们许下了无法实现的约定。第二次世界大战以后，因对战争的不同思想，日本被分为南北两个地域来统治。在尤尼恩统治下的北海道被建立在一个谜一样的“巨塔”里，暗中进行某种计划。而在美军所占领的日本本州，还没有人知道那座塔的真实目的。从海峡中间望去，可以更加清楚地看见那里的“巨塔”。对“巨塔”一直抱有未知的憧憬和敬畏的青森县少年藤泽浩纪和白川拓也一直希望依靠自身的力量飞到“巨塔”上去，於是利用了军队留下的废品，在山里战后遗迹中组装了一驾小型飞机。同时对“巨塔”感兴趣的还有和他们同年纪也是共同喜欢的的女孩泽度佐由理，他们三人都觉得如果不去接触“巨塔”以后再也不知道什么时候才能接触它了。可这时佐由理却在中学三年级转学回到东京，说不出的空虚和寂寞让两人失去对飞机和“巨塔”的干劲，放弃了梦想的行动，浩纪考进东京的高中，拓也继续留在青森的高中就学，彼此在各自的道路上越走越远。多年以后，在东京生活着丧失目标的浩纪不知从何时开始频繁地梦见佐由理，无意中他得知佐由理从那年的十五岁夏天开始就患了原因不明的记忆障碍症，一直在医院里沉睡。浩纪决心将佐由理从永恒的睡眠中拯救出来，同时请在政府..

战争之后，日本被分为南北两个部分。美军统治下的青森县，少年藤泽浩纪和白川拓也都喜欢同年级的同学泽度佐由理。他们的心中都有佐由理，还有那个东西——边境以北的津轻海峡，日本北海道联盟建立的高耸云端的“塔”。巨大而神秘的的塔，是三位少年少女的向往，他们约定，建造小型飞机，飞向塔去一探究竟。　　中学三年级佐由理转学到东京。两位少年放弃了制造飞机的打算。浩纪考进东京的高中，拓也继续留在青森的高中就学，彼此在各自的道路上越走越远。　　但是，多年后，佐由理在医院中陷入沉睡！这突如其来的病症让三人再次聚在一起。沉睡的病症，与塔的力量有神秘的联系，而塔本身，似乎也成了日本南北开战的据点。　　卷入战争与爱情的三人，到底是救佐由理，还是救世界！命运的解答，似乎就在云的那一端，他们曾经约定的地方。

年方15岁的高中生秋月孝雄（入野自由配音），专心学业的过程中不得不为了生计打工赚钱。母亲离家出走，他与哥哥过着看不到前方的生活。入梅之日，孝雄逃课来到日本庭园。在一座安静的小亭子里，27岁的职场女性雪野百香里（花泽香菜配音）边吃巧克力边饮啤酒的样子引起了孝雄的注意。似曾相识的二人，仿佛约定好了一般，每到落雨之日便从世俗的烦恼中逃脱出来，相会于这座钢筋铁骨都市丛林中宛若世外桃源的幽静角落。在梅雨季节的日子里，他们的心渐渐向彼此靠拢。志愿成为手工鞋匠的秋月，决心以雪野为模特做一双鞋。　　雨过天晴，艳阳高照，庭园中久久不见秋月和雪野的身影，相会无期亦有期……

在一片宁静的小山村，少女渡濑明日菜（金元寿子配音）时常站在山顶，用父亲留给她的神秘矿石作二极管，收听着来自外面世界的美妙音乐。在一次放学途中，明日菜遭到一头怪兽的袭击，关键时刻她被俊美少年瞬（入野自由配音）救下，纯洁的友谊在少男少女之间开始萌芽。明日菜体味着友谊的甜蜜，却不知瞬在某天悄然离开人世。新来的男老师森崎龙司（井上和彦配音）为孩子们讲述了死国的传说，明日菜这才意识到瞬正是来自另一个世界雅戈泰的人。森崎真实身份隶属某个神秘组织，他和明日菜的心中都有想要复活的人，于是经过一波三折，他们随着瞬的弟弟心一同来到了传说中的雅戈泰。　　在这个绝美而凄惶的国度，他们展开了似乎永无止境的旅程……

历经了千年的繁华，巍峨帝都早已从内部腐烂，拥有邪魔灵魂的统治者，正引领文明走向毁灭。为了解除村庄的困境，拥有绝赞剑术的少年塔兹米（齐藤壮马配音）独闯帝都。此时帝都至高无上的皇帝还只是不谙世事的孩子，国家的实际操纵者大臣只手遮天，是帝都腐朽的根源。历经一波三折，塔兹米被曾经骗过自己的雷欧奈（浅川悠配音）强行拉入一个神秘组织NightRaid。NightRaid是一支令帝都所有权贵富贾闻风丧胆的暗杀集团，他们是革命军下辖的秘密特殊部队，其最终目标是颠覆大臣的统治。在娜杰塔（水野理纱配音）的领导下，赤瞳（雨宫天配音）、雷欧奈等绝世高手云集其下。塔兹米的命运由此发生转折，而接二连三更大的纷争则将其引向未知的彼方……　　本片根据タカヒロ（原作）、田代哲也（原画）的漫画改编。

高中女生奈绪（名冢佳织配音）隶属摄影部，她喜欢捕捉云和风。一天，她在学校天台拍照时，看见一只飞天猫，随即天空居然下起了“猫雨”，震惊之余她不慎失足坠楼。出乎意料的是，从高空中摔下的她竟毫发无损。原来是拥有操纵风的能力的风使——大气老师救了她，而那只猫之所以会飞也是因为它懂得操纵风。得知大气老师回乡参加祭典后，奈绪和好朋友美纪（花村怜美配音）以及同班男生阿润（入野自由配音）一起来到风使之乡找他，向他学习风的知识，老师却一口回绝。目睹了震撼人心的风之祭典后，奈绪似乎更加了解风……　　本动画围绕着奈绪的日常展开，她的高中生活也许平平凡凡，然而故事里有风。

故事讲述了在L.C.922年，人们正在面对空前的危机。在神话世界的百年战争终结后，败下阵来的魔神们为了在地上寻求新的安居之处，向人类世界袭来。背负着守护街区宿命的警察特殊机关ALCA，旗下年轻的定理者们被强制与拥有特殊能力的异世界女神们合体，进而投身战场之中。

故事舞台是在现代的意大利都市，政府机关“社会福祉公社”表面上是收容重伤残障的少女给予医治和帮助职业训练的福利机构，但实际上是将收容的少女加以义体改造并投入药物加以洗脑制约使其成为对抗恐怖份子的尖兵。每位少女都搭配一位辅佐官，而这组合称为“fratello”是意大利语中“兄妹”之意，每位少女对其辅佐官都有制约造成的混合了爱情及亲情的绝对忠诚。跟社会福址公社敌对的恐怖组织是被称为“五共和国派”的组织。该组织的政治诉求，是响应以意大利北部为据点的“北部同盟”（LegaNord）党首UmbertoBossi所提倡，意大利北部8省与中部3省（包括托斯卡纳（Toscana），翁布里亚（Umbria），马尔凯（Marche））应该自意大利共和国分离独立的主张，并依此实行武装抗争运动的组织（但在现实中的意大利并无此组织，真实存在的北部同盟也不支持恐怖活动）。