又是一个平静的日子，内裤爱好者八宝斋（永井一郎饰）四面出击，惹得乱马（山口勝平饰）、小茜、良牙（山寺宏一饰）、珊璞（佐久間レイ饰）等人纷纷加入进来，在镇上惹出巨大的骚动。正当众人闹得不可开交之时，一头裹挟着黑色杀气的大象突然袭来。它和美丽的主人向八宝斋发起攻击。与此同时，天空阴云密布，一艘巨船出现在空中。他们是来自中国内地寝昆仑的七福道神，这群神秘之人不仅抢走骑象少女带来的奥义经卷，还虏走了小茜。乱马一众不堪就范，决定启程前往中国……　　本片根据高桥留美子的漫画《乱马12》改编，系该动画的剧场版第一部。

司馬宙はカーレースで瀕死の重傷を負い、父親である司馬博士の技術でサイボーグとして生まれ変る。すでに司馬博士自身は亡くなっているが、その知能と意思の全てが巨大コンピュータの中に収められ、マシンファーザーとして司馬を指導する。司馬博士殺される原因となったのは、彼が発掘した銅鐸が、敵の古代帝国である邪魔台国の重要な秘密を握っていたためだ。それが今、司馬宙の体内に埋め込まれている。その銅鐸を奪うために、古代よりの侵略者、女王ヒミカとその配下たちが操るハニワ幻人が襲来する。卯月美和の乗るビッグシューターから射出されるジーグのパーツと、頭部に変形する宙が合体、鋼鉄ジーグとなって磁力を駆使した戦闘用オプションパーツを使いハニワ幻人を倒し、ヒミカの野望を打ち砕く！

日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生，某日，她偶然通过家中神社的枯井来到了500年前的战国时代。时狼烟四起，妖怪横行，世间大地生灵涂炭。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，意欲变成真正妖怪的犬夜叉，为了得到四魂之玉结识拥有强大灵力的巫女桔梗。经过一段时间相处，两人之间产生了感情。犬夜叉因此希望变成人类，而桔梗也打算在净化完四魂之玉后过回普通人的生活。然而，对桔梗心存邪念的盗贼鬼蜘蛛将灵魂和肉体献给妖怪，继而转生变成邪恶的半妖奈落。在他的一番挑拨下，犬夜叉被桔梗封印在神木之上，重伤的桔梗也在悲伤绝望中死去。　　桔梗转生的戈薇解救了犬夜叉，却不慎将四魂之玉射成碎片。为了找回碎片，她和犬夜叉以及随后遇到的伙伴：七宝、弥勒、珊瑚踏上了充满艰难险阻的旅途……

柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。　　大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。　　开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。

漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美配音）对其真实身份产生怀疑。　　刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……

元军攻打日本之际，中国大陆的妖怪为了得到死者魂魄亦东渡日本。在这里，他们遭遇了犬夜叉的父亲斗牙王。经过一番艰苦鏖战，大陆妖怪最终被封印在斗牙王的牙齿中。　　时间回到战国时代，四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森，唤醒了大陆妖怪首领之子玛瑙丸。为了解开被斗牙王牙齿所封印的力量，玛瑙丸派随从琉璃、玻璃将犬夜叉一行人引到不归之森，并诱使犬夜叉用铁碎牙斩断结界。结界消失，被封印上百年的力量开始复活，玛瑙丸变得愈加强大。与此同时，玻璃和琉璃分别夺去了珊瑚的云母和法师的风穴，使犬夜叉一方陷入苦战；另一方面，戈薇的意识被玛瑙丸控制，她迫不得已用箭再次将犬夜叉封印，之后更被桔梗推入枯井，穿越时空回到了现代……

又一年的夏天来临，在九能带刀（鈴置洋孝饰）的倡议下，天道道场的伙伴们决定结伴出海旅行，谁知航行中遭遇风暴，众人最终流落孤岛。由于乱马（山口勝平饰）和八宝斋（永井一郎饰）的打闹，游艇的修缮工作遥遥无期。正在这时，小霞姐姐神秘失踪，最后连珊璞（佐久間レイ饰）、小靡、右京也不见踪影。在她们失踪的现场，全部留下一只桃子。背后黑手原来是桃幻乡的幻术王子桃磨，来到小岛上的所有女孩都被掳走成为他的新娘候补。为了夺回亲人和爱侣，乱马他们注定要面临一场恶战……　　本片根据高桥留美子的漫画《乱马12》改编，系该动画的剧场版。

这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。　　50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。

并非此处的世界，并非此时的时代。　　被称作将军的执政者们所治理的草原与沙漠的国度·土耳基将国。　　12年前，在与邻国·巴尔特兰帝国之间的战争中失去母亲的玛法姆特，　　期盼着和平的国家，而成为了土耳基史上最年轻的将军。　　但，随着土耳基因交易获得巨万财富而取回了安宁，帝国的侵略再度开始了。　　与搭档犬鹫·伊斯卡达尔一起，为了粉碎席卷国家之间的阴谋与策略而行动的玛法姆特，　　究竟要如何将自己的祖国导向和平？　　——在理想与现实的夹缝中，他所采取的行动是……

我们的使命，　　是击退企图破坏作品世界的【病毒】！　　我们要为了守护这个世界而努力！　　曾经号称御宅文化圣地的秋叶原如今也成为了商业街，　　动画和漫画的记忆逐渐被忘却，专卖店也逐渐关闭，变得所剩无几。　　支撑着作品世界的，是存在于人们心中的作品的“回忆”。但每当作品世界被病毒所破坏，作品就会从大家的记忆、回忆当中消除。　　我们的战斗，就是为了守护大家与喜爱的作品之间的“重要回忆”！　　在位于秋叶原一角的小小店铺“兔子小屋本铺”工作的12位女孩子的故事。　　为了打倒病毒、让秋叶原恢复成曾经的愉快街道，我们正在不断努力！