剧情描述住在郊区的单身上班族安昙春子突然失踪，其后在街坊间引发的大小事。故事将以春子消失前后的两条时间线交错叙事，藉由28岁女子、20岁女子、女高中生的三个世代，勾勒出当代日本女性的生活侧写。

或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，约定不许任何人染指这里。可是曾经作为联合舰队舰长的哈洛克却背叛盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通缉犯。

28岁的佐仓明日香职业是一名自由撰稿人。某天她醒来后发现自己躺在了一间白色屋子的床上。原来是一所精神病院的隔离病房，而这里只收女病人。明日香感觉自己失去了记忆，她完全不知道自己是如何来到这里的。

进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天，倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通将其请去。原来继承了剑心刽子手身份的志志雄真实当年被新政府背叛，侥幸活下来的志志雄正秘密筹措称霸日本的可怕计划。

为了救神谷薰，绯村剑心纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎所救。深感到自身与志志雄真实的巨大差距，为了拯救全日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。

经历了动荡的明治维新，日本迎来新的时代。在明治政府第十个年头，不祥的气息弥漫东京。恶德实业家武田观柳操纵女医师高荷惠研制新型鸦片，公开招揽落魄武夫，大肆收购周边土地，有条不紊地实现他的狼子野心。在此期间，以刽子手拔刀斋之名滥杀无辜的鹈堂刃卫引起了前新選组头目斋藤一的注意，也迫令隐姓埋名多年的拔刀斋本尊绯村剑心登场。

自小一起长大的少女花与爱丽丝是一对亲密好友，但两人性格迥异，爱丽丝活泼好动，见爱就追，花则天性害羞，不敢同喜欢的男生讲话。在每天陪伴爱丽丝尾随其一见钟情的高校男生时，花也偷偷恋上了经常与该男生结伴同行的宫本。花与爱丽丝双双考进宫本所念书的高校，花也设法成为了宫本所在的相声社团的社员。某次意外令宫本患上短暂性的“记忆丧失”，花趁机编出自己是宫本曾开口示爱的对象，两人谈起伪恋爱。眼看谎言越撒越多接近无法收场，花情急之中把爱丽丝拉了进来，不想她自己成了“电灯泡”。

宫本是个职场菜鸟，在恋爱和工作上都十分笨拙，一直烦恼著自己在社会上生存的意义。直到某日，和靖子一见锺情后，他的人生终于露出一线曙光，稳定的日子过没多久，却突然发生了一件大事，彻底的改变了他们，让靖子和宫本的关係降到了冰点，宫本要如何做才能巩固这份得来不易的爱情呢？

主人公的琉花是一个脾气略微急躁的普通少女，父母亲都在水族馆中工作，小的时候曾经在水族馆内见到过发光的鱼群，对其记忆尤深。因为琉花脾气的关系，她在中学第二个暑假被参加的运动社团给开除了，百无聊赖的她在去父亲工作的水族馆中遇见了两名神秘的异国少年，“海”和“空”——据说是被儒艮所养大，可以长时间在海中生存，且不能过久离开水源的孩子，并且开始了她之后所说的“最漫长的暑假”......

制作充气娃娃的哲雄对园子一见钟情而结婚，他隐瞒着自己的真实工作普通过活，但却因过度热衷充气娃娃的制作而令夫妻关系产生危机。在这样的情况下，园子向哲雄坦白了心中怀揣着的秘密…