一直想要打败游戏重新夺回三张神之卡的海马濑人，为了找到能打败游戏的卡而去找贝卡斯，并且从贝卡斯那里了解到贝卡斯他确实有那样的卡片。于是海马用三张青眼白龙做赌注向贝卡斯挑战赌牌决斗并战胜了他，按照贝卡斯的预想，海马应该只从贝卡斯给他提供的牌组里拿走青眼光龙一张卡，但海马却拿走了两张卡，按照海马的作风，他是不会对贝卡斯牌组里的其他卡片感兴趣的，于是贝卡斯立刻就感到事情不妙，并想阻止海马，却无济于事。另一方面，游戏在博物馆参观一批刚从埃及运回来的文物时，发现了一个与自己的千年积木相似的水晶做的金字塔，据说这是光之王的象征，正当他要仔细看时，旁边的木乃伊复活了！它夺走了水晶金字塔，还把游戏等人打昏，处于昏迷状态的游戏听到预言，说光之王与暗之王战斗后，破坏之王将会苏醒，并看到水晶金字塔与千年积木发生碰撞并撞碎了千年积木！就在大家从博物馆出来时，海马的挑战书到了，冥冥之中似乎在暗示什么。

曾经风光一时的黑帮头目宗形博也（哀川翔饰），在一次组织对抗后受伤并被迫退出江湖。多年以来，他和结拜兄弟信也（REDRICE饰）忍辱求生，并尽心照顾坐牢的兄弟武史（鹤见辰己饰）的女儿日向（山本舞香饰）。武史出狱，日向却和好友塞拉（水野绘梨奈饰）出走跑到了钱荷岛。与此同时，岛上病毒性感冒流行，黑帮竹下组成员吉田明（宫川大辅饰）盗取组织的违禁药物当作特效药在岛上兜售，谁知却令自己成为了可怕的丧尸。　　丧尸风暴迅速蔓延全岛，而尾随日向而至的宗形一行以及追踪吉田而来的竹下组武斗派头目（木村佑一饰）等人，在这个最糟糕的时刻来到了这片血腥的修罗场……

本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。在跨越无数的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途。在经历一段时间后，游戏等人重新回归平凡的生活。然而，一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成，试图再度复活暗游戏。