明治中期，九州赌徒帮派矢野组组长被人暗杀，其独女龙子（藤纯子饰）解散帮会，以父亲尸体旁遗落的钱包为线索四处寻找凶手。龙子怀揣小太刀，五年间走遍全国各地的赌场，因出色的赌技而赢得“红牡丹阿龙”的绰号。　　在岩国某赌场，龙子拆穿庄家作弊手段，引起纠纷，幸得流浪赌徒片桐（高仓健饰）出手相助。与片桐分手后，龙子得知曾见过杀手容貌的阿新的下落，遂启程寻找，并在道后与熊虎组组长虎吉（若山富三郎饰）结为兄妹。经熊虎推荐，龙子和阿新前往拜会大阪千成一家第二代首领加仓井（大木实饰），却偶然在此得知真相……

经过长达七年的修业之旅，绯牡丹阿龙（藤純子饰）和组员飞车角（広瀬義宣饰）返回故乡熊本，决心复兴父亲一手创立的矢野组。路上，他们偶然救助了遭到追杀的青年富士松（待田京介饰），因此与当地的黑帮荒木田组结怨。　　随着明治时代的到来，日本全面进入工业社会。九州筑丰一带富足的煤矿得到广泛开发，为了提高运输速度，铁路的铺设被提上日程。然而这项计划触及了远贺川流域运煤船工的利益，他们和承包工程的帮派组织多次发生冲突。阿龙的叔父川边要次郎（嵐寛寿郎饰）在冲突中受伤，不治身亡。他在临死前将组织托付给阿龙，并嘱托她一定要完成铁路的建设。继承叔父的遗志，阿龙全力推进工程的进行，因此和代表船工利益的堪藏（石山健二郎饰）产生矛盾。另一方面，心怀不轨的荒木田组伊之助（天津敏饰）时刻寻找机会，准备一举摧毁铁路工程以及阿龙、堪藏的组织……