小新一家还有风间，妮妮，正男，阿呆一起报名动感超人周年纪念南海之旅，就在动感超人电影的船上首映会上，突然出现了一群粗暴的猴子将大人们都掳走了。春日部防卫队为了救出大人们而出动，小新一行人冒险渡海到南海上的一座荒岛希望可以查出发生了什么事，但本应在船上小葵和小白竟突然出现，小新还发现另一辆古怪的船......

在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……