《本草中国》第二季延续以“本草”为核心要素，讲述的是本草的功能和用法。相对于第一季对本草药采摘、炮制、配伍的环节和流程展示外，第二季把“用药”作为故事的核心，通过本草把医生与患者的故事串联起来，呈现了四十余位以悬壶济世为己任的国医大师与中医药名老专家，展现他们令人叹为观止的医技和关乎生命的感人故事，充分彰显“大医精诚”的力量，渗透属于中国人的生命观、价值观和自然观。在独特的中国传统文化视角下，用传统中医药哲学“天、地、人”的思想统领全片，从而理解中医药中相互交织相互影响的伟大哲学命题内核。

依旧在那个美丽的村庄里，城市女孩天天的故事还在继续。在这一季中，天天有了可爱的小鸡、小羊和小兔子，还认识了新的小伙伴。有了小动物和朋友们的陪伴，天天越来越自信和开朗。天天还学会了照顾生病的妈妈，帮助有困难的小伙伴，以及包粽子和做饭……每一次新的尝试，都是孩子们成长中的宝贵体验。随着剧情的深入，在每一集中，天天都在一步步学会感恩，学会珍惜，学会担当。

一场车祸之后，失忆的刘欣回老家休养。　　一个偶然的机会，刘欣找到了儿时的几幅蜡笔画，这些画触动了她的记忆。　　小学时，刘欣有个同学叫周小生，因总是随身带着蜡笔，被人取外号“蜡笔仔“，而刘欣小名小欣，“蜡笔”和“小新”，在同名卡通片以及同名果冻的影响下，他们成为了那时同学们开玩笑的对象。他们也因此本能地建立起一种敌对情绪，成为一对小冤家。这幅画就是那时候“蜡笔”送给“小新”的和解礼物。　　中学时代他们又成为同学。周小生带着刘欣听摇滚乐，帮助她去追求自己喜欢的男孩，像个守护神一样守着她的少年时代。　　刘欣向父母询问周小生的消息，父母却遮遮掩掩地告诉她并不认识这个人。父母的闪烁其词让刘欣感到他们在向自己隐瞒着什么，而同时她也发现，自己在找寻记忆的过程中，一直有个神秘的黑衣人在跟踪她，甚至这个黑衣人跟自己的闺蜜陶丽娜还有着联系。她平静的休养生活也至此变得扑朔迷离起来。　　几天后，刘欣收到一个神秘的包裹，包裹里是一盒曾经代表刘欣和周小生的果冻和一幅画，画面上一男一女坐在一个酒吧里。这一男一女都像极了成年之后的刘欣和周小生。　　一定有个秘密在她和周小生之间，而且与她经历的那场车祸有关，为找到真相，她偷偷离开了父母，只身去寻找答案……