叶家灭门案还未正式结案，沈琦遗骸竟又引发灵异之事。幸好沈琦表妹——留学多年的物理学家沈玉及时回国，利用量子物理中针对“暗物质”的研究成果，发现原来巫女曲南燕并未死去，还附身到叶家老太太身上。　　曲南燕的诡计被识破后，杀害叶老太太并盗走《山海经异术录》重塑身体。复原后的曲南燕更加疯狂，从操纵尸偶袭击众人，到控制叶家镇的镇民成为自己修炼九尾狐的工具。　　阿离、包天耀、春翰三人在沈玉的帮助下开始拯救镇民，谁知曲南燕竟控制了阿离最亲的儿时伙伴阿忠，杀害了春翰探长，阿离无奈用狐火烧死阿忠。面对亲人、挚友的死亡，阿离、包天耀、沈玉三人痛苦万分。　　此时，叶家镇陷入了空前的危机。沈玉利用阿离血液中的能量发明了暗物质能量枪，阿离和包天耀继续阻止曲南燕将镇上人们变成尸偶，最终阿离以妖丹之力注入暗物质能量枪中战胜曲南燕。

据《山海经》记载：青丘之山，有兽焉，其状如狐而九尾。自商帝辛之妃苏妲己后，九尾狐族血脉凋零，分九支隐世而居。为求进化九尾大能，后世传人偶有现世，必掀腥风血雨残杀世间。民国初年，江南叶家古镇，首富叶家寿宴当日被灭满门，所有死者的尸体上都出现了神秘的黑紫色纹理。为了尽快平息此事镇长限期5日内必须破案，随着调查的深入，叶家灭门案真相逐渐浮出水面，原来真凶的目的竟然是想利用上古法阵修炼成九尾狐妖。危机下阿离被封印的记忆解开，原来她竟然是九尾狐纯血后裔，觉醒的阿离能否阻止曲南燕进化的阴谋……