以成为绘本作家为人生目标的白鸟隆士，住在东京一幢名为“鸣泷庄”公寓里。作为公寓管理员的是隆士的堂姐妹，还是位高中2年级学生的苍叶梢。鸣泷庄的每位住客都有着鲜明的性格。一号房的是梢的好友茶之畑珠实、三号房是一位独断独行的大姐姐——桃乃惠、五号房住着母亲黑崎沙夜子和中学二年级的女儿黑崎朝美母女俩。另外，六号房的灰原由起夫和手腕人偶强尼也各自过着各自的生活。可是，这其中真正的强者实际上却是梢。她有一个秘密，那就是在受到什么刺激而休克时就会“变身”。为了实现那不可知的梦想而入住在鸣泷庄的隆士，到底将会有怎样的生活呢？以后又会有什么样的事情在等待着他去经历呢？

1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。

一个名为“阿卡姆”的民间组织受到远古文明留下的讯息启发而成立。旨在保护及封印超古代文明的危险遗迹。加入“阿卡姆”的特殊工作人员，人们称之为SPRIGGAN。其中实力No.1的特工是一位叫作御神苗优（森久保祥太郎配音）的十七岁少年。在土耳其的一次调查工作中，“阿卡姆”竟无意地发现了诺亚方舟。方舟隐藏着毁天灭地的神秘力量，于是很多组织都开始窥伺这个传说中的远古遗迹。美国派出了半机械改造人小队与“阿卡姆”展开激烈的遗迹争夺战。而其中一个以神自称的改造人少年竟想私自利用挪亚方舟引发第二次洪水灭世……御神苗优是否能够阻止这一疯狂的计划呢？世界将会走向灭亡吗？

在一个魔法消失后的时代，公主阿莱蒂（桑岛法子配音）独自居住在高高的城堡塔楼里，等待来迎娶她的骑士。而国王为了从众多人选中选出驸马，提出只要谁能将魔法师的宝贝带回来，谁就可以取公主做新娘。时光荏苒，公主每天以书本来消磨时间。一晚，一位勇士偷偷溜进了公主的闺房，向公主示爱，可被公主回绝了。打发走了拜访者，一个小魔女从暗道里走了出来，告诉公主魔法失效的根源，自己也丧失了法力，再也无法变回原样。第二天清晨，一个拥有法力的魔法师（小山刚志配音）乘坐着飞艇造访城堡，迎娶公主。魔法师用自己的魔法威逼国王交出公主。其实，昨晚公主在与小魔女的交谈中已经醒悟了，意识到不能再消极地等待下去了，应该主动追求自己想要的生活。收拾了行囊，趁夜色溜出了城堡……