为了应对新型基础设施的建设以及潜在的恐怖袭击的威胁，湾岸署决定迁入安装了高级安保系统的新栋，而主持搬迁工作的则是业已升为刑事课强行犯系系长的青岛俊作（織田裕二饰）。随着青岛一声令下，全署上下一起行动，此前虽有周密部署，但是难免乱作一团。在此期间，湾岸署辖区内发生了数起奇怪的抢劫案，更令警方汗颜的是，青岛、恩田堇（深津絵里饰）、王明才（滝藤賢一饰）的配枪竟在搬迁过程中被人盗出。不久，有人持用他们的配枪无差别杀人，顿令湾岸署陷入最大的危机之中。在此之后，恐怖分子控制了新湾岸署的安保系统，并要求释放包括日向真奈美（小泉今日子饰）在内的数名重刑犯。青岛该如何面对这次史无前例的大挑战呢？　　本片为同名电视剧的第3部剧场版。

1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。　　就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。　　为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。　　哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。　　为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。

警视厅里存在一支特殊的队伍，他们与罪犯对峙靠的不是枪支弹药或是火拼，也无需斗得你死我活，而主要是依靠嘴和强大的心理承受力，这只队伍简称为“SIT”，也就是我们所说的谈判专家。　　和犯人通过沟通协商的形式，以最小的代价拯救人质、当事人，这是SIT们的主要职责。在这支以男性居多的队伍中，有一抹亮丽的身影，那就是踩着高跟鞋，雷厉风行的宇佐木玲子（米仓凉子饰）。但是她的到来起初并不受到男性同事们的待见，大家认为她的能力不足以扛下交涉人的重任。但随着一系列事件的展开，玲子向他们展示了自己不亚于男性的谈判能力，得到了广大同事，包括其上司桐沢圭吾（阵内孝则饰）等人的认同……

华尔街金融从业者莲实圣司（伊藤英明饰），在事业取得辉煌成就的时刻选择辞职，回到祖国日本，在一所私立高中担任英语老师。莲实英俊帅气，亲切和善，平易近人，在学生中间有着极高的人气。但是在当前快乐平和的表象下，不安定的氛围悄悄浮现。先是与莲实关系很近的心理咨询教师水落聪子（中越典子饰）被人威胁，之后体育教师体罚学生，医务室老师田浦（高冈早纪饰）色诱莲实，而一向阴郁严肃的老师钩井正信（吹越满饰）则警告聪子不要与莲实走得太近。似乎，莲实那张永远充满阳光般笑容的面孔背后，隐藏着常人难以捉摸的秘密和杀心……本片根据貴志祐介的原作改编eee