吾妻玲二（入野自由配音）本是一介普通的少年，一次偶然中，他被卷入了一起黑社会暗杀事件之中，作为目击证人，玲二被列入了“消抹名单”之中。组织内部的洗脑专家家塞斯（千叶一伸配音）发现了玲二体内所隐藏的强大力量，如获至宝的他消除了玲二的记忆，取名Zwei，并致力将他培养成为新一代出色的杀人机器。　　负责训练玲二的少女名叫Ein（高桓彩阳配音），她同玲二一样没有过去的记忆。尽管Ein表面上冷静从容，但在内心里，她一直在逃避着同时作为“人”和“机器”这之间无法调节的矛盾。在和玲二相处的日子里，Ein的人性被重新唤醒，她意识到了自己危险的处境，不愿意再被人利用的Ein和玲二约定，两人决心逃出组织的掌控，重新回归自由的生活。

这里是人、神、魔等种族共同生活的神秘世界，密斯塔尔希亚　　过去，黑银之翼的巴哈姆特曾几乎令这个世界毁灭　　但人，神，魔三族共同战斗　　作出了巨大的牺牲后，终于把它的力量封印了起来　　接着，神与魔两方分别保存着封印钥匙的一半　　二千年以后，世界始终和平安宁　　不知从什么时候起，人类将巴哈姆特当作了独一无二的尊贵存在，畏惧并崇拜它　　某一天　　一位少女夺走了保护严密的神族的钥匙　　世界的均衡渐渐被打破　　当巴哈姆特再次发出吼声之时　　世界再次落入绝望的深渊　　世界啊，毁灭吧！　　某个声音如此肯求着

故事发生在2029年，被病毒袭击的日本陷入了混乱之后被名为“GHQ”的暴力组织全面接手，政府逐渐成为了傀儡。在这样动荡的大环境下，樱满集（梶裕贵配音）只是一名平凡的高中生，过着属于他的平凡生活，直到那个叫做楪祈（茅野爱衣配音）的少女出现在他的眼前。　　祈的真实身份为“葬仪社”的成员，这个社团以从GHQ的手上夺回日本自治权为目标不断进行着危险而残酷的战争。在组织首领恙神涯（中村悠一配音）的引导之下，集成为了组织的一员，结识了同僚筱宫绫濑（花泽香菜配音）和鸫（竹达彩奈配音）等人。随着战斗的升级，各种迹象显示出集似乎拥有着神秘的力量，而躲在诸多敌人背后的究竟是怎样强大的存在，众人无从而知……